Το φιλτραρισμένο ελαιόλαδο έχει διαυγή εμφάνιση, ενώ κατά την διαδικασία φιλτραρίσματος αφαιρούνται ορισμένες πολυφαινόλες. Το αφιλτράριστο ελαιόλαδο από την άλλη, έχει θολότερη απόχρωση. Αποθηκεύεται για μήνες σε δεξαμενές αποθήκευσης και περιέχει όλα τα αρχικά συστατικά.
Οι πολυφαινόλες θεωρούνται θρεπτικές, χάρη στην αντιοξειδωτική τους δράση. Βέβαια, όταν γίνεται λόγος για ελαιόλαδο καλής ποιότητας, ούτως ή άλλως υπάρχει μεγάλη θρεπτική αξία. Οι μικροποσότητες των πολυφαινολών που αποβάλλονται κατά το φιλτράρισμα δεν αλλάζουν σημαντικά τα δεδομένα.
Όσον αφορά την γεύση του προϊόντος, οι απόψεις διίστανται: Μερικοί προτιμούν το φιλτραρισμένο ελαιόλαδο, με το επιχείρημα ότι είναι πιο ευδιάκριτες οι γευστικές αποχρώσεις. Άλλοι θεωρούν πιο ελκυστική την εντονότερη, βαρύτερη γεύση του αφιλτράριστου ελαιολάδου.
Ένα ακόμα ζήτημα αφορά το άρωμα του προϊόντος. Το αφιλτράριστο ελαιόλαδο, όντας πιο παχύρρευστο, προκαλεί σταδιακά τον σχηματισμό ιζημάτων στην βάση του μέσου αποθήκευσής του. Αυτό σημαίνει ότι χαλάει ευκολότερα. Αντιθέτως, το φιλτραρισμένο ελαιόλαδο αντέχει περισσότερο στον χρόνο.
Εν τέλει, το αφιλτράριστο έχει πιο ακατέργαστη εμφάνιση η οποία προσδίδει φυσικότητα. Το φιλτραρισμένο όμως διατηρείται για πιο πολύ καιρό σε καλή κατάσταση. Αν η ποιότητα του ελαιολάδου είναι ούτως ή άλλως καλή, η επιλογή ανάμεσα στα δύο αυτά είδη είναι καθαρά υποκειμενική.
